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Identification in silico of ssr markers for genotyping hevea sp. clone gardens in colombia

García R., Ibonne Aydee and González S., Sandra Milena and Montoya C., Dolly and Aristizabal, Fabio (2011) Identification in silico of ssr markers for genotyping hevea sp. clone gardens in colombia. Agronomía Colombiana; Vol. 29, núm. 3 (2011); 359-366 Agronomía Colombiana; Vol. 29, núm. 3 (2011); 359-366 2357-3732 0120-9965 .

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URL oficial: http://revistas.unal.edu.co/index.php/agrocol/arti...

Resumen

The rubber crops profitability depends largely on genotypes established in plantations, meaning that clone identity must be ascertained. This work was aimed at identifying commercial clones Hevea sp. by microsatellites. Primers were designed from sequences reported in Genbank using Primer3, PrimerQuest and OlgoPerfect software for PCR amplification of microsatellites. The primers so obtained were thermodynamically analysed by Oligo Analyzer 3.1 software and experimentally evaluated on 12 Hevea sp. clones. The 15 of the 561 microsatellite markers were selected; they had 2- and 3-bp repeat motifs and 11- to 23-bp repeat extension ranges. The most informative ones were microsatellites amplified with SSRH103, SSRH134, SSRH510 and SSRH516 primers with seven alleles and SSRH403 primers with eight alleles. Four microsatellite markers were sufficient for discriminating 10 of the 12 clones. Clustering analysis involved all the markers on the clones evaluated here, showing Brazilian clones’ narrow genetic base compared to Asiatic ones. The current work provides new markers and joins work published by other authors for identifying and diversity studies of natural rubber clone.

Tipo de documento:Artículo - Article
Información adicional:© Facultad de Agronomía, Universidad Nacional de Colombia Se autoriza la reproducción y citación del material que aparece en la revista, siempre y cuando se indique de manera explícita: nombre de la revista, nombre del autor(es), año, volumen, número y páginas del artículo fuente. Las ideas y afirmaciones consignadas por los autores están bajo su responsabilidad y no interpretan necesariamente las opiniones y políticas de la Universidad Nacional de Colombia. La mención de productos o firmas comerciales en la revista no implica una recomendación o apoyo por parte de la Universidad ni de la Facultad; el uso de tales productos debe ceñirse a las recomendaciones de las etiquetas.
Palabras clave:polymorphism, molecular markers, Hevea brasiliensis, SSR, clone, PCR, natural rubber.
Unidad administrativa:Revistas electrónicas UN > Agronomía Colombiana
Código ID:19810
Enviado por : Dirección Nacional de Bibliotecas STECNICO
Enviado el día :26 Junio 2014 03:02
Ultima modificación:06 Junio 2018 10:51
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