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Evaluación de dos métodos de extracción de adn a partir de biopsias fijadas en formalina y embebidas en parafina en condiciones no optimas

Bustamante, Javier Andres and Astudillo, Miryam and Pazos Moncayo, Alvaro Jairo and Bravo, Luis Eduardo (2011) Evaluación de dos métodos de extracción de adn a partir de biopsias fijadas en formalina y embebidas en parafina en condiciones no optimas. Acta Biológica Colombiana, 16 (2). pp. 83-98. ISSN 1900-1649

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URL oficial: http://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/art...

Resumen

Los tejidos de archivo son un material de incalculable valor para estudios retrospectivos que requieran la aplicación de análisis moleculares. Existen múltiples métodos de extracción de ADN a partir de este tipo de muestras. No obstante, la mayoría de métodos toman mucho tiempo y los reactivos empleados contribuyen a la fragmentación del ADN. Con el objetivo de optimizar dos métodos de extracción de ADN a partir de tejidos embebidos en parafina en condiciones no optimas. Se seleccionaron 47 bloques en parafina que contenían biopsias de pleura, pulmón y pericardio correspondientes a 24 pacientes (66,66%hombres) mayores de 18 años, con inflamación granulomatosa crónica, remitidos al Departamento de Patología del Hospital Universitario del Valle entre 2002-2007. A cada muestra se le realizaron 10 cortes y se sometieron a dos métodos de extracción de ADN: 1.Convencional y 2.QIAamp-DNA mini kit®. La eficiencia del ADN fue valorada por espectrofotometría y amplificación del gen GAPDH. La concentración de ADN de las muestras extraídas por el método convencional fue de 65.52ng/µl ±11.47 (promedio±EE) y la relación 260/280 vario entre 0.52 y 2.30. De las muestras extraídas por el método comercial, la concentración media de ADN fue 60.89ng/µl±6.02, con una absorbancia que oscilo entre 0 y 2.64. El ADN obtenido fue sometido a PCR, de 47 muestras extraídas por ambos métodos, 25 y 23 respectivamente amplificarón exitosamente el gen GAPDH. Los métodos usados para la obtención de ADN presentaron un desempeño similar, revelando así su potencial utilidad en estudios retrospectivos a partir de biopsias embebidas en parafina en condiciones inadecuadas., Paraffin wax embedded tissues are an invaluable material for retrospective studies requiring the application of molecular analysis. Multiple methods are available to extract DNA from these kind of samples. However, the most common methods are slow and the reagents often contribute to the fragmentation of genetic material. In order to optimize the procedure, two methods for DNA extraction from paraffin embedded tissue non-optimal conditions were used. 47 blocks containing paraffin-embedded biopsies of pleura, lung and pericardium from 24 patients (66.6% males) older than 18 years, with biopsy proven chronic granulomatous inflammation referred to the Department of Pathology at University hospital of Valle between 2002 and 2007 were selected. Each sample was subjected to 10 cuts and was to two methods of DNA extraction: 1. conventional and 2. QIAamp-DNA mini kit®. The efficiency of the extracted DNA, was assessed by spectrophotometry and PCR amplification of a fragment of the housekeeping gene GAPDH. The concentration of DNA samples extracted by the conventional method was of 65.52 ng/µL ± 11.47 (mean ± SE) and the 260/280 absorbance ratio ranged between 0.52 and 2.30 the average concentration of DNA of the samples extracted by the commercial method was 60.89 ng/µL ± 6.02 (mean ± SE), with an absorbance that fluctuated between 0 and 2.64. The DNA obtained was amplified by PCR, of 47 samples extracted by both methods, 25 and 23 respectively the GAPDH gene amplified successfully. The methods used to obtain DNA showed similar performance, highlighting the potential utility of both extraction methods for the retrospective studies from paraffin embedded tissues in unsuitable conditions.

Tipo de documento:Artículo - Article
Información adicional:La aceptación de manuscritos por parte de la revista implicará, además de su edición electrónica de acceso abierto bajo licencia Creative Commons (CC) Atribución-NoComercial-CompartirDerivadasIgual 3.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/deed.es_AR), la inclusión y difusión del texto completo a través del repositorio institucional  de la Universidad Nacional de Colombia y en todas aquellas bases de datos especializadas que el editor considere adecuadas para su indización con miras a incrementar la visibilidad de la revista.
Palabras clave:Medicina, microbiologia, histologia, patologia, biopsia, granuloma, ácidos nucleicos, fragmentación del ADN, reacción en cadena de la polimerasa
Temática:6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology
6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology > 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Unidad administrativa:Revistas electrónicas UN > Acta Biológica Colombiana
Código ID:22283
Enviado por : Dirección Nacional de Bibliotecas STECNICO
Enviado el día :27 Junio 2014 13:22
Ultima modificación:22 Febrero 2019 17:11
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