Escudo de la República de Colombia
Sistema Nacional de Biliotecas - Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia Biblioteca Digital - Repositorio Institucional UN Sistema Nacional de Bibliotecas UN

Diseño de oligonucléotidos para el estudio de genes celulolíticos y solventogénicos en cepas colombianas de clostridium sp. (clostridiaceae)

Montoya Solano, José David and Suárez Moreno, Zulma Rocío and Riaño Pachón, Diego Mauricio and Montoya Castaño, Dolly and Aristizábal Gutiérrez, Fabio Ancízar (2007) Diseño de oligonucléotidos para el estudio de genes celulolíticos y solventogénicos en cepas colombianas de clostridium sp. (clostridiaceae). Acta Biológica Colombiana; Vol. 12 (2007): Supl.; 55-74 Acta Biológica Colombiana; Vol. 12 (2007): Supl.; 55-74 1900-1649 0120-548X .

Texto completo

[img]
Vista previa
PDF
6MB

URL oficial: http://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/art...

Resumen

El objetivo de este estudio fue analizar las rutas metabólicas para la producción de solventes y degradación de celulosa en cepas colombianas promisorias del género Clostridium. Para ello se diseñaron sondas de hibridación que sirvieran para posteriores estudios de mejoramiento genético de las cepas. Se construyó la base de datos denominada MULTICLOST en Microsoft Access® con las secuencias de 485 genes involucrados en las rutas metabólicas arriba mencionadas, provenientes de 45 especies bacterianas y 10 especies fúngicas. Los genes fueron agrupados de acuerdo al tipo de enzima y a los dominios catalíticos o de unión a sustrato en el caso de las celulasas. Cada grupo se sometió a alineamiento múltiple en ClustalW 1.83 y con base en los resultados se crearon subgrupos de similitud mayor al 50%. Se localizaron secuencias conservadas de longitud mayor a 19 nucleótidos en GeneDoc 2.6.002 y sus valores termodinámicos fueron estimados con GeneRunner v3.05, mientras que la sensibilidad y especificidad fue verificada por búsquedas en GenBank usando BLASTN 2.2.8. En total se obtuvieron 94 secuencias conservadas con las siguientes características: longitud promedio de 24 nucleótidos, Tm promedio de 65,8 ºC y contenido de (G+C) entre 14,3 y 60,0%. Se determinó que ninguna de las sondas diseñadas forma estructuras secundarias estables con Tm superior a 36,1 ºC. De acuerdo a sus características y valores termodinámicos, todas las sondas podrían ser utilizadas en la construcción de un microarreglo o en reacciones de PCR para la identificación de regiones relevantes en el mejoramiento del proceso por ingeniería metabólica., The goal of the present study was to analyze the metabolic pathways involved in solvent production and cellulose consumption by promising Colombian native strains of the genus Clostridium. Therefore a set of oligonucleotide probes was designed, with the aim of analyzing potential targets for genetic improvement of the Colombian strains. The database named MULTICLOST was created in Microsoft Access® using the sequences from 485 genes involved in solventogenesis, 1,3propanodiol production and cellulolysis from 45 bacterial and 10 fungal species. The genes were grouped according to their respective enzyme function and to the catalytic domain or the substrate binding domain in the case of cellulases. ClustalW 1.83 was used for multiple alignment of every group. Subgroups of sequences with more than 50% identity among themselves were created. Conserved sequences longer than 19 nucleotides were identified using GeneDoc 2.6.002 and their thermodynamic values were calculated with GeneRunner v3.05, while their sensitivity and specificity were verified by searching in GenBank with BLASTN 2.2.8. Ninetyfour conserved sequences were obtained with an average 24nucleotide length, 65.8ºC average Tm and a (G+C) content between 14.3% and 60.0%. None of these probes forms stable secondary structures at temperatures higher than 36.1ºC. According to the former results, all of the probes could be used in an oligonucleotide microarray or in PCR reactions for the identification of metabolic targets for improvement of the industrial process.

Tipo de documento:Artículo - Article
Información adicional:La aceptación de manuscritos por parte de la revista implicará, además de su edición electrónica de acceso abierto bajo licencia Creative Commons (CC) Atribución-NoComercial-CompartirDerivadasIgual 3.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/deed.es_AR), la inclusión y difusión del texto completo a través del repositorio institucional  de la Universidad Nacional de Colombia y en todas aquellas bases de datos especializadas que el editor considere adecuadas para su indización con miras a incrementar la visibilidad de la revista.
Palabras clave:Ciencias Bilógicas, Biología, Medicina, Oligonucleotide Probes, Clostridium SP, Microarrays, Bioinformatics, Ciencias Bilógicas, Biología, Medicina, Sondas de Oligonucleótidos, Clostridium SP, Microarreglos, Bioinformática
Unidad administrativa:Revistas electrónicas UN > Acta Biológica Colombiana
Código ID:29231
Enviado por : Dirección Nacional de Bibliotecas STECNICO
Enviado el día :30 Junio 2014 02:16
Ultima modificación:31 Enero 2018 21:07
Ultima modificación:31 Enero 2018 21:07
Exportar:Clic aquí
Estadísticas:Clic aquí
Compartir:

Solamente administradores del repositorio: página de control del ítem

Vicerrectoría de Investigación: Número uno en investigación
Indexado por:
Indexado por Scholar Google WorldCat DRIVER Metabiblioteca OAIster BASE BDCOL Registry of Open Access Repositories SNAAC Red de repositorios latinoamericanos eprints Open archives La referencia Tesis latinoamericanas OpenDOAR CLACSO
Este sitio web se ve mejor en Firefox