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Una descripción matemática del recambio evolutivo de los ARNt en el género Drosophila

Romero Marroquín, Liliana Constanza (2014) Una descripción matemática del recambio evolutivo de los ARNt en el género Drosophila. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia.

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Resumen

En este trabajo se consideran los genomas secuenciados de 12 especies del género Drosophila. A cada genoma le es asociado un vector de 22 componentes; 21 de éstas corresponden al número de genes ARNt funcionales, clasificados según el aminoácido que su molécula transcrita es capaz de transportar, la componente restante corresponde al número de pseudogenes ARNt. Considerando los criterios de conservación en sintenia y similitud entre cadenas, la cual es estudiada usando la distancia de Hamming, se establece que cada pareja de vectores está relacionada mediante una transformación afín. Las entradas de las matrices de dichas transformaciones afines representan las tasas de ganancia de genes o pseudogenes ARNt entre los genomas. Adicionalmente, se estudia la correlación entre la distancia de mutación genómica de dos especies y las tasas encontradas., Abstract. In this document, we consider the sequenced genomes of 12 species in the genus Drosophila. Each genome is associated with a vector. These vectors have 22 components; 21 of them correspond to the number of functional tRNA genes classified according to the unique type of amino acid that is carried by their transcribed molecules, the remaining component correspond to the number of tRNA pseudogenes. Taking into account the syntenic conservation criteria and the similarity between strings, that has been studied using the Hamming distance, we stablish that each pair of vectors is related by an affine transformation. The matrices entries of those affine transformations represent rates of tRNA gene or pseudogene gain between a pair of genomes. Furthermore, we study the correlation between the genome mutation distances and the obtained rates.

Tipo de documento:Tesis/trabajos de grado - Thesis (Maestría)
Colaborador / Asesor:Bermúdez Santana, Clara Isabel and Díaz Morales, Hernando
Información adicional:Magister en Ciencias - Matemática Aplicada. Línea de Investigación: Modelación matemática de la organización genómica de los ARN
Palabras clave:Organización genómica, ARN de transferencia, Conservación sinténica, Tasas de ganancia y degradación de genes, Distancia de Hamming, Transfer RNA, Syntenic conservation, Affine transformations, Hamming distance
Temática:1 Filosofía y psicología / Philosophy & psychology > 12 Epistemología, causalidad, género humano / Epistemology
5 Ciencias naturales y matemáticas / Science > 51 Matemáticas / Mathematics
5 Ciencias naturales y matemáticas / Science > 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology > 61 Ciencias médicas; Medicina / Medicine & health
Unidad administrativa:Sede Bogotá > Facultad de Ciencias > Departamento de Matemáticas
Código ID:37604
Enviado por : Universidad Nacional de Colombia Biblioteca Digital -3- Sede Bogotá
Enviado el día :03 Julio 2014 16:05
Ultima modificación:03 Julio 2014 16:05
Ultima modificación:03 Julio 2014 16:05
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