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Asociación de SNPs con características de crecimiento muscular en una población de ovinos criollos de pelo con alto mestizaje de Pelibuey en el Valle del Cauca

Lenis Valencia, Claudia Patricia (2019) Asociación de SNPs con características de crecimiento muscular en una población de ovinos criollos de pelo con alto mestizaje de Pelibuey en el Valle del Cauca. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Palmira.

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Resumen

La adaptabilidad de los ovinos a las condiciones ambientales del trópico es una alternativa al momento de aumentar los rebaños, poder identificar los SNPs asociados a las características de producción y rasgos fenotípicos que permitan comprender el desarrollo biológico del animal son una ventaja al momento de seleccionar los mejores animales. El objetivo fue analizar la productividad, desarrollo corporal e identificación de los polimorfismos de un solo nucleótido en siete genes de diferentes locus de los ovinos Criollos con alto mestizaje en Pelibuey de la Reserva Natural El Hatico (RNEH) mediante pesajes a diferentes edades, curvas de crecimiento y asociarlos a las características de crecimiento y medidas de ultrasonido en el músculo LD. Se utilizaron 200 animales con pesajes cada dos meses para conocer la productividad y en las curvas de crecimiento, se tuvieron en cuenta las variables dependientes e independientes, se realizaron tomas de imágenes entre la doceava y treceava costilla sobre el músculo Longissimus dorsi con un ecógrafo, midiendo área del ojo del lomo (AOL), profundidad del lomo (PL) y el espesor de grasa dorsal (EGD); mientras que, en 192 individuos, fueron genotipados los locus CAST y MSTN por PCR-RFLP y locus CAPN, GH, GHR, IGF-1 y LEP por PCR-SSCP. Para el análisis de los pesajes y medidas de ultrasonido se realizó un GLM del paquete estadístico S.A.S, en las curvas de crecimiento se evaluaron los modelos no lineales Gompertz, Logístico, Brody, Richards y Von Bertalanffy, el análisis se realizó a partir del procedimiento NILN en S.A.S y los parámetros de los modelos fueron obtenidos utilizando el método de Gauss-Newton. Para seleccionar el modelo de ajuste a los datos se tuvo en cuenta el coeficiente de determinación (R2), el criterio de información Aikaike (AIC) y el criterio de información bayesiano (BIC). También se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas, la heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He), el índice de fijación, las desviaciones del equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) y el coeficiente de endogamia (F) por medio del programa Arlequin versión 3.5. La asociación se realizó con 142 animales polimórficos en cinco genes, por medio del programa PLINK v.1.9 mediante un análisis de regresión lineal y un GLM en S.A.S. Los promedios generales de la población fueron: PN 3.1 ± 0.7 Kg, PD 18.5 ± 3.5 kg, GDPRE 128.3 ± 28 g, PAJ210 25 ± 4.2 kg y GDPOS 72.1 ± 29.5 g, con coeficientes de variación (CV) del 22, 19, 22, 17 y 39%, respectivamente. Por otra parte S, TP, NPARTO y EPNAC afectaron (p<0,05) el PN y GDPOS, en las mismas variables los machos presentaron mayores promedios que las hembras y las épocas secas de nacimiento las afectó significativamente (p<0,01), el PD y el PAJ210 fue afectado por el S y TP (p<0,05), de igual manera la EPNAC también afecto el PAJ210. Los promedios generales en las medidas de ultrasonido fueron: 6.42 ± 0.89 cm2, 2.01 ± 0.35 cm y 1.70 ± 0.34 mm, con un coeficiente de variación de 14, 17 y 20%, para el AOL, PL y EDG, respectivamente; el grupo 2 presentó valores mayores de AOL y PL (p<0.05). En las curvas de crecimiento el modelo de Richards resultó ser el más adecuado para describir el crecimiento de los ovinos. Los locus CAPN, CAST, LEP, GH e IGF-1 fueron polimórficos y se confirmaron por medio de las secuencias, mientras que, GHR y MSTN eran monomórficos. Los locus CAST, GH e IGF-1 mostraron desviaciones de HWE. Sólo en el locus IGF-1 se encontró un déficit. En la asociación solo se encontró diferencia significativa (P < 0.05) del gen CAST y la característica PNA, sin embargo hay una tendencia del 93% de confiabilidad de asociación entre el gen CAPN con la característica PAJ210 (P=0.07) y del gen IGF-1 con la característica GDPOS (P=0.07). En conclusión, el S, TP, NPARTO y EPNAC tienen un efecto importante sobre las características de crecimiento; el modelo Richards explicó el desarrollo de los animales desde el nacimiento hasta un año de vida, presentando madurez tardía y los polimorfismos encontrados se podrían usar para identificar individuos con genotipos favorables para implementar un método de selección asistida por marcadores., //Abstract: The adaptability of sheep to the environmental conditions of the tropics is an alternative when increasing flocks, being able to identify SNPs associated with production characteristics and phenotypic traits that allow understanding the biological development of the animal are an advantage when selecting the best animals. The objective was to analyze the productivity, body development and identification of the polymorphisms of a single nucleotide in seven genes of different loci of the Creole sheep with high miscegenation in Pelibuey of the Reserva Natural El Hatico (RNEH) through weighings at different ages, curves of growth and associate them with the growth characteristics and ultrasound measurements in the LD muscle. 200 animals were used with weights every two months to know the productivity and in the growth curves, dependent and independent variables were taken into account, images were taken between the twelfth and thirteenth rib on the Longissimus dorsi muscle with an ultrasound scanner, area of the loin eye (AOL), loin depth (PL) and dorsal fat thickness (EGD); while, in 192 individuals, the CAST and MSTN loci were genotyped by PCR-RFLP and locus CAPN, GH, GHR, IGF-1 and LEP by PCR-SSCP. For the analysis of the weighings and ultrasound measurements, a GLM of the SAS statistical package was performed, in the growth curves the non-linear models Gompertz, Logistic, Brody, Richards and Von Bertalanffy were evaluated, the analysis was made from the NILN procedure in SAS and the parameters of the models were obtained using the Gauss-Newton method. The coefficient of determination (R2), the Aikaike information criterion (AIC) and the Bayesian information criterion (BIC) were taken into account to select the model for adjusting the data. The allelic and genotypic frequencies, the observed heterozygosity (Ho) and the expected (He), the fixation index, the deviations of the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) and the inbreeding coefficient (F) were calculated using the Arlequin program version 3.5. The association was carried out with 142 polymorphic animals in five genes, by means of the PLINK program v.1.9 by means of a linear regression analysis and a GLM in S.A.S. The general averages of the population were: PN 3.1±0.7 Kg, PD 18.5±3.5 kg, GDPRE 128.3±28 g, PAJ210 25±4.2 kg and GDPOS 72.1±29.5 g, with coefficients of variation (CV) of 22, 19, 22, 17 and 39%, respectively. On the other hand S, TP, NPARTO and EPNAC affected (p <0.05) the PN and GDPOS, in the same variables the males presented higher averages than the females and the dry times of birth affected them significantly (p <0.01), PD and PAJ210 were affected by S and TP (p <0.05), likewise EPNAC also affected PAJ210. The general averages in the ultrasound measurements were: 6.42±0.89 cm2, 2.01±0.35 cm and 1.70±0.34 mm, with a coefficient of variation of 14, 17 and 20%, for the AOL, PL and EDG, respectively; group 2 presented higher values of AOL and PL (p <0.05). In the growth curves the Richards model was the most adequate to describe the growth of the sheep. The CAPN, CAST, LEP, GH and IGF-1 loci were polymorphic and confirmed by means of the sequences, whereas, GHR and MSTN were monomorphic. The CAST, GH and IGF-1 loci showed deviations from HWE. Only in the IGF-1 locus was a deficit found. In the association only significant difference was found (P <0.05) of the CAST gene and the PNA characteristic, however there is a 93% tendency of association reliability between the CAPN gene with the characteristic PAJ210 (P = 0.07) and the gene IGF-1 with the GDPOS characteristic (P = 0.07). In conclusion, the S, TP, NPARTO and EPNAC have an important effect on the growth characteristics; The Richards model explained the development of animals from birth to one year of age, presenting late maturity and the polymorphisms found could be used to identify individuals with favorable genotypes to implement a method of marker-assisted selection.

Tipo de documento:Tesis/trabajos de grado - Thesis (Maestría)
Colaborador / Asesor:Alvarez Franco, Luz Angela
Información adicional:Línea de Investigación: Producción Animal Tropical
Palabras clave:Variables productivas, Curvas de crecimiento, Ultrasonido, Genes, Productive variables, Growth curves, Ultrasound, Genes
Temática:5 Ciencias naturales y matemáticas / Science > 59 Animales / Animals
6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology > 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Unidad administrativa:Sede Palmira > Facultad de Ciencias Agropecuarias > Maestría Ciencias Agrarias
Código ID:70631
Enviado por : Claudia Patricia Lenis Valencia
Enviado el día :23 Enero 2019 17:18
Ultima modificación:23 Enero 2019 17:18
Ultima modificación:23 Enero 2019 17:18
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