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Comparación de perfiles de elementos genéticos plasmídicos de aislamientos clínicos de Acinetobacter baumannii provenientes del Instituto Nacional de Salud en el periodo 2012 - 2015, mediante secuenciación de genoma completo

Pérez Lugo, MarÍa Camila (2019) Comparación de perfiles de elementos genéticos plasmídicos de aislamientos clínicos de Acinetobacter baumannii provenientes del Instituto Nacional de Salud en el periodo 2012 - 2015, mediante secuenciación de genoma completo. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá.

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Resumen

Acinetobacter baumannii es un microorganismo oportunista ampliamente diseminado en ambientes intra-hospitalarios, el cual se ha visto involucrado en diversos tipos de infecciones, especialmente en pacientes inmunocomprometidos. Del mismo modo, ha mostrado ser un pat´ogeno con una alta capacidad de resistencia a antibi´oticos, la cu´al se correlaciona con la presencia de pl´asmidos, por lo que la obtenci´on de los mismos favorece el estudio de estos en t´erminos epidemiol´ogicos. Sin embargo, la identificaci´on de estas secuencias a trav´es de estrategias convencionales no asegura la obtenci´on de las mismas. La secuenciaci´on de genoma completo de fragmentos cortos, resulta ser una alternativa de bajo costo que permite la obtenci´on de ADN gen´omico, incluyendo el plasm´ıdico. Se cre´o un flujo de trabajo escrito en Phyton por medio del cual se busca clasificar los contigs producto del ensamblaje empleando la herramienta SPAdes v3.8 asociados a secuencias plasm´ıdicas, con base en 5 metodolog´ıas. De los 82 aislamientos evaluados, 9 no presentaron secuencias asociadas a pl´asmidos. El objetivo del presente trabajo de investigaci´on es presentar una alternativa de selecci´on de contigs plasm´ıdicos producto de secuenciaci´on de genoma completo de fragmentos cortos y establecer perfiles de elementos plasm´ıdicos, aplicada a aislamientos colombianos de Acinetobacter baumannii, obtenidos a nivel intra-hospitalario durante los a˜nos 2012 - 2015 por el Instituto Nacional de Salud.

Tipo de documento:Tesis/trabajos de grado - Thesis (Maestría)
Colaborador / Asesor:Reguero Reza, María Teresa Jesús
Información adicional:Magíster en Ciencias - Microbiología. Línea de investigación: Biología Molecular de Agentes Infecciosos.
Palabras clave:Plásmidos, Acinetobacter baumannii, Secuenciación de genoma completo
Temática:5 Ciencias naturales y matemáticas / Science > 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
Unidad administrativa:Sede Bogotá > Facultad de Ciencias > Posgrado Interfacultades en Microbiología
Código ID:74373
Enviado por : María Camila Pérez Lugo
Enviado el día :26 Septiembre 2019 17:09
Ultima modificación:26 Septiembre 2019 17:09
Ultima modificación:26 Septiembre 2019 17:09
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