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Análisis bioinformático y desarrollo de útiles génicos para la caracterización molecular in vitro, de un posible transportador de cationes alcalinos ó alcalinotérreos de la membrana plasmática de Mycobacterium tuberculosis

Novoa Aponte , Lorena (2012) Análisis bioinformático y desarrollo de útiles génicos para la caracterización molecular in vitro, de un posible transportador de cationes alcalinos ó alcalinotérreos de la membrana plasmática de Mycobacterium tuberculosis. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia.

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Resumen

Las ATPasas tipo P hidrolizan ATP y usan la energía liberada para transportar iones a través de membranas plasmáticas en contra de gradientes electroquímicos, lo que las hace esenciales para la viabilidad celular. La distribución y función de estos transportadores en las micobacterias es pobremente entendida en la actualidad. En el presente estudio, se construyeron perfiles probabilísticos basados en modelos ocultos de Markov para identificar y clasificar las ATPasas tipo P del complejo tuberculoso (MTBC) de acuerdo con el tipo de iones posiblemente transportados por ellas. Se analizaron sus topologías, perfiles de hidrofobicidad y motivos conservados para correlacionar las secuencias de aminoácidos de las ATPasas tipo P micobacterianas con sus posibles especificidades iónicas. Finalmente, se construyeron los útiles génicos necesarios para la caracterización molecular In vitro de CtpF, un posible transportador de cationes alcalinos/alcalinotérreos de Mycobacterium tuberculosis, así como del factor de virulencia MgtC. / Abstract. P-type ATPases hydrolyze ATP and release energy that is used in the transport of ions against electrochemical gradients across plasma membranes, making these proteins essential for cell viability. Currently, the distribution and function of these ion transporters in mycobacteria are poorly understood. In this study, probabilistic profiles were constructed based on hidden Markov models to identify and classify P-type ATPases in the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) according to the type of ion transported across the plasma membrane. Topology, hydrophobicity profiles and conserved motifs were analyzed to correlate amino acid sequences of P-type ATPases and ion transport specificity. Additionally, genetic tools were constructed for the In vitro molecular characterization of CtpF, a possible alkaline/alkaline earth metal cation transporter from Mycobacterium tuberculosis, as well as the MgtC virulence facto

Tipo de documento:Tesis/trabajos de grado - Thesis (Maestría)
Colaborador / Asesor:Soto Ospina, Carlos Yesid
Información adicional:Magíster en Ciencias Bioquímica. Líneas de Investigación: Enzimas y sistemas de transporte de membrana en bacterias; Bioinformática y estructura
Palabras clave:Tuberculosis; micobacterias; ATPasas tipo P; bioinformática; clonación; Recombinería; MgtC / mycobacteria; P-type ATPases; bioinformatics; cloning; recombineerin
Temática:5 Ciencias naturales y matemáticas / Science > 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
Unidad administrativa:Sede Bogotá > Facultad de Ciencias > Departamento de Química
Código ID:8141
Enviado por : Universidad Nacional de Colombia Biblioteca Digital -2-Sede Bogotá
Enviado el día :23 Oct 2012 18:46
Ultima modificación:23 Oct 2012 18:46
Ultima modificación:23 Oct 2012 18:46
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